Bruker SMART X2S User manual

SC-XRD
Innovation with Integrity
SMART X2S
User Manual
Part Number: DOC-M86-EXS127 V4
Publication Date: 25 March 2011

SMART X2S User Manual
Bruker AXS Inc.
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Madison, WI 53711-5373 USA
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Version History
Version Date Changes
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DOC-M86-EXS127 V4 iii
Table of Contents
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . SMART X2S 1-i
1AboutthisUserManual..... . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-1
1.1 The Structure of this User Manual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-1
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1.2 Referenced Documentation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2
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1.3 Terms and Conventions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-3
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1.4 Safety Notices. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-4
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1.5 Help and Technical Support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-13
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2IntroductiontotheSMARTX2S. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1
2.1 SMART X2S Features. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1
2.2 Diagrams . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2
2.3 Technical Specifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-3
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2.4 Startup and Shutdown . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-5
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Table of Contents SMART X2S User Manual
iv DOC-M86-EXS127 V4
3SamplePreparationandMounting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1
3.1 Sample Preparation Overview. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1
3.2 The Bruker Spine Pin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-2
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3.3 Sample Preparation Procedure. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-3
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4SettingUpDataCollection..... . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
4.1 The SMART X2S Touchscreen Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
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4.2 The “Welcome” Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2
4.3 Inserting an Empty CD. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2
4.4 Naming Your Sample . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-4
4.5 Entering the Sample Formula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-5
4.6 Specifying the Crystal Color . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-7
4.7 Specifying the Crystal Shape . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-8
4.8 Specifying the Crystal Size . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-9
4.9 Selecting the Redundancy Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-10
4.10 Inserting the Sample . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-11
5DataCollectionandStructureSolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1
5.1 The “Processing” Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1
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5.2 Aborting Data Processing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-5
6StructureView,ReportDisplay,andCDBurning. . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-1
6.1 Structure View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-1
B7D7D 0-/)(-)/+%a#+;%I)--',%[),(-#',$ 7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% B@5
6.2 Report Display . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-4
6.3 CD Burning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-5

SMART X2S User Manual Tab l e o f C o n t e n ts
DOC-M86-EXS127 V4 v
6.4 Removing the CD and Sample . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-5
7 The Data CD. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-1
7.1 The Crystallographic Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-1
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E7D75 1'9+()9+%a#+;+/%0+(-#', 7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% E@Q
E7D7Q =+-<#9+&%3+S'/-%0+(-#',7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% E@N
E7D7N 29+/-$%0+(-#', %7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% E@B
7.2 Using the Data CD with APEX2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-7
8SMARTX2SAdministratorInformation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-1
8.1 Access to the SMART X2S’ Interior . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-1
A7D7D 2&*#,#$-/<-'/%b+6%<,&%2((+$$'/#+$%b#-%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@D
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A7D7Q 0123!%450%?'*S</-*+,-$%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@Q
8.2 Moving the SMART X2S. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-4
A757D 1'.#,R%-"+%0123!%450%'.+/%0"'/-%=#$-<,(+$ 7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@N
A7575 ?/<-#,R%-"+%0123!%450%8'/%0"#SS#,R%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@M
A757Q F,(/<-#,R%-"+%0123!%450%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@Y
8.3 Preventive Maintenance and Inspections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-10
A7Q7D ?9+<,#,R%-"+%0123!%450 7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@DH
A7Q75 3+S9<(#,R%-"+%`#-"#)*%I<--+/6%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@DH
A7Q7Q 0)/.+6#,R%-"+%0123!%450%8'/%3<&#<-#',%`+<J<R+ 7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@DD
8.4 The SMART X2S’ Archival and Deletion Routine ..................... 8-15
8.5 Remote Access to the SMART X2S’ Frames Directory. . . . . . . . . . . . . . . . . 8-16
A7M7D ?',,+(-%-"+%?'*S)-+/%-'%-"+%0123!%450 7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@DB
A7M75 ?"+(J%-"<-%-"+%0123!%450%^<$%<%=6,<*#(%KO%2&&/+$$ %7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@DB
A7M7Q ?',,+(-%-"+%0123!%450%-'%-"+%K$'9<-+&%O/#.<-+%V+-;'/J%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@DE
8.6 Connecting to WebEx . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-17
A7B7D ?',,+(-#,R%-'%P+:CZ%;#-"')-%<%0123!%450%0+/.#(+%?= %7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@DE
8.7 Updating the SMART X2S Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-18
A7E7D O/+S</#,R%8'/%-"+%0'8-;</+%FS&<-+ %7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7%7% A@DA
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8.8 Consumable Items . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-25
8.9 CE Declaration of Conformity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-26
Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .Index-1

Table of Contents SMART X2S User Manual
vi DOC-M86-EXS127 V4
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DOC-M86-EXS127 V4 1 - 1
1AboutthisUserManual
1.1 The Structure of this User Manual
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cSample Preparation and Mounting%&#$()$$+$%$+S</<-#,R%<%(/6$-<9%8/'*%-"+%:)9J%
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cSetting Up Data Collection%$-</-$%-"+%&<-<%('99+(-#',%:6%+,-+/#,R%(/6$-<9%#,8'/*<-#',L%
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cData Collection and Structure Solution%&+$(/#:+$%-"+%$-+S$%#,%-"+%0123!%450%
<)-'*<-#(%&<-<%('99+(-#',%<,&%$-/)(-)/+%$'9)-#',%S"<$+d
cStructure View, Report Display, and CD Burning%&+$(/#:+$%-"+%0123!%450%/+$)9-$%
<8-+/%('99+(-#,R%<,&%$'9.#,R%-"+%$-/)(-)/+d
cThe Data CD%&+$(/#:+$%-"+%/+S'/-%<,&%8#9+$%',%-"+%?=L%;"#("%(',-<#,%<99%-"+%#,8'/*<-#',%
,+(+$$</6%-'%S):9#$"%-"+%$-/)(-)/+%e'/L%#8%&+$#/+&L%;'/J%8)/-"+/%;#-"%#-%#,%I/)J+/f$%2OC45%
$'8-;</+%$)#-+gd%<,&%
cSMART X2S Administrator Information%&#$()$$+$%S/'(+&)/+$%<,&%'S+/<-#',$%-'%:+%
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About this User Manual SMART X2S User Manual
1 - 2 DOC-M86-EXS127 V4
1.1.1 The Ylid Crystal
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1.2 Referenced Documentation
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1.2.1 Referenced Documentation
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Documentation Part Number Title
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1AB@CZZHEA 2OC45%0'8-;</+%F$+/%1<,)<9%e#8%<SS9#(<:9+g

SMART X2S User Manual About this User Manual
DOC-M86-EXS127 V4 1 - 3
1.3 Terms and Conventions
1.3.1 Equivalent Terms
Frame/Image
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Greek and Roman Text
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1.3.2 Notices: Danger, Caution, and Note
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P23VKV]
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Greek Roman
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About this User Manual SMART X2S User Manual
1 - 4 DOC-M86-EXS127 V4
1.4 Safety Notices
1.4.1 General Safety Precautions of the SMART X2S
P23VKV]
nDANGER
n
4@/<6%3<&#<-#',n
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Therefore the removal of the key will
terminate production of X-ray.
1.4.2 Correct Usage of the SMART X2S
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P23VKV]
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SMART X2S User Manual About this User Manual
DOC-M86-EXS127 V4 1 - 5
1.4.3 Safety-related Graphic Symbols
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Symbol Meaning
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About this User Manual SMART X2S User Manual
1 - 6 DOC-M86-EXS127 V4
1.4.4 X-ray Safety
P23VKV]
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General Physical Principles of X-rays
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SMART X2S User Manual About this User Manual
DOC-M86-EXS127 V4 1 - 7
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About this User Manual SMART X2S User Manual
1 - 8 DOC-M86-EXS127 V4
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+9+(-/',%#$%/+S9<(+&%:6%<,%+9+(-/',%8/'*%<,%')-+/%$"+997%I+(<)$+%-"+%+,+/R6%9+.+9$%'8%$"+99$%#,(/+<$+$%
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SMART X2S User Manual About this User Manual
DOC-M86-EXS127 V4 1 - 9
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About this User Manual SMART X2S User Manual
1 - 10 DOC-M86-EXS127 V4
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SMART X2S User Manual About this User Manual
DOC-M86-EXS127 V4 1 - 11
Biological Effects of X-Rays
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cDelayed effects:%+88+(-$%$)("%<$%(<,(+/%#,&)(-#',%-"<-%*<6%<SS+</%*',-"$%'/%6+</$%
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About this User Manual SMART X2S User Manual
1 - 12 DOC-M86-EXS127 V4
1.4.5 Beryllium Safety
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nDANGER
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1.4.6 Perchlorate Safety
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SMART X2S User Manual About this User Manual
DOC-M86-EXS127 V4 1 - 13
1.5 Help and Technical Support
1.5.1 Help within the Interface
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1.5.2 Technical Support from Bruker Service Centers
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P23VKV]
nCAUTION
n
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North American Service Center Contact Information
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Bruker AXS North American Service Center
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About this User Manual SMART X2S User Manual
1 - 14 DOC-M86-EXS127 V4
Karlsruhe Service Center Contact Information
!<:9+%D7M%m I/)J+/%240%b</9$/)"+%0+/.#(+%?+,-+/%(',-<(-%#,8'/*<-#',
Bruker AXS Karlsruhe Service Center
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