Brainlab Kolibri cranial Safety guide

Copyright 2009, BrainLAB AG Germany. All rights reserved.
Software User Guide
Revision 1.0
Kolibrircranial/ENT
Version 2.7

Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7 3
Table of Contents
Table of Contents
General Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Contact Data & Legal Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
Contact Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
Legal Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Symbols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Symbols Used in This Guide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Intended Use . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
Using the System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
Compatibility with Medical Devices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
BrainLAB Medical Instruments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
BrainLAB Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Non-BrainLAB Medical Devices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Non-BrainLAB Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Training & Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Training . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
System Startup & Shutdown . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Opening a Session . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
About Data Flow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
Starting the Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Workflows for Data Transfer and Planning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Workflow for Navigation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
Loading Patient Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Shutting Down . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
Closing the Software and Shutting Down the System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33

4 Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7
Table of Contents
Software Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
About the Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
User Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Main Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Menu Bar Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
General Dialog Buttons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Tracking System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
Tracking Status Displays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
Tracking Instruments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Camera Positioning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
System Information and Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
Adjusting Sound Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Configuring a Live Video Connection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Registration Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
About Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Preparation for Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
Restoring a Previous Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
Standard Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
Introduction to Standard Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
About Standard Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
Registration Instruments and Software Guidance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Performing Standard Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
Activating Standard Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65

Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7 5
Table of Contents
Planning Registration Points . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
Unsequential Registration (Registering Fiducial Markers) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
Sequential Registration (Registering Fiducial Markers and Preplanned Landmarks) . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
Registration Accuracy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
About Registration Accuracy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Verifying Accuracy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
Detailed Registration Accuracy Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
Surface Matching Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
Introduction to Surface Matching Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
About Surface Matching Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
Activating Surface Matching Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
Registration Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
Adjusting Threshold Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
Softouch Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
Performing Softouch Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
z-touch Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
Ensuring Successful z-touch Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
Performing z-touch Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
Surface Matching Registration Accuracy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
About Registration Accuracy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
Verifying Accuracy: Standard Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
Verifying Accuracy: Overview of Advanced Features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
How to Verify Accuracy using Advanced Features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
Additional Guidelines for z-touch Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
Additional Point Acquisition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
Effects of Scan Areas on Accuracy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
Intraoperative Landmark Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103

6 Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7
Table of Contents
Introduction to Intraoperative Landmark Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
About Intraoperative Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
Registration Instruments and Software Guidance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Acquiring and Registering Intraoperative Landmarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
Acquiring Intraoperative Landmarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
Registering Intraoperative Landmarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
Configuring Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
Navigation Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
About the Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
View Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
Accessing View Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
Inline and Probe’s Eye Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
3D View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
Adjusting the Threshold of 3D Images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
Live Video Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
Auto Pilot View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
Windowing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
Adjusting Windowing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
Calibrating Instruments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
Introduction to Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
About Calibration and Verification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
Handling Instrument Adapters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
Accessing Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134
Accessing Calibration in the Tools Dialogs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
Loading Precalibrated Geometries and Restoring a Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
Calibration Using the Reference Array . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138

Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7 7
Table of Contents
Performing Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
Calibration Using the ICM4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
Calibration and Verification Using Pivot Points . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
Calibration and Verification Using Receptacles (Holes) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
Calibration and Verification Using the V-Inset (Notch) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
Calibrating Suction Tubes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
Calibration Using the ICM 2.0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
Calibration and Verification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150
General Navigation Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151
Accuracy Checks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
Verifying Navigation Accuracy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
Verifying the Pointer and Softouch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
Patient Orientation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
Defining Patient Orientation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
Measurement Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
Accessing Measurement Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
Displaying a Scale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
Displaying Distances . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
Freeze Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160
Using Freeze Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160
Tooltip Offset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
Setting a Tool Tip Offset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
Trajectories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164
Acquiring Trajectories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164
Eraser Navigation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169

8 Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7
Table of Contents
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170
About Eraser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170
Eraser Instruments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171
Instrument Calibration and Verification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171
Using Eraser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173
Eraser Navigation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173
Modifying the Eraser Object . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174
Navigating Alignment Instruments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
VarioGuide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
Verifying Instruments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
Defining the Initial Position and Performing Rough Adjustments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181
Aligning the VarioGuide to the Planned Trajectory and Verifying Accuracy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
Navigating the VarioGuide with General Instruments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
Preparing the VarioGuide for Navigation with the Disposable Biopsy Needle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
Frameless Biopsy System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
Verifying Instruments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
Aligning the Biopsy Tube and Calculating the Instrument’s Insertion Depth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195
Disposable Biopsy Needle Type A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200
Navigating the Disposable Biopsy Needle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200
Microscope Navigation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203
Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203
Introduction to Microscope Navigation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
About Microscope Navigation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
Initializing the Microscope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205
Activating and Selecting the Microscope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205
Verifying the Microscope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207

Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7 9
Table of Contents
Verifying the Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
Recalibrating the Microscope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211
Microscope Navigation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213
Accessing Navigation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213
Navigation Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214
Microscope Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
Microscope Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217
Configuring Microscope Video . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 218
Microscope Images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220
Displaying Microscope Video Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220
Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223

10 Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7
Table of Contents

Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7 11
General Information
General Information
Chapter Overview
Contents
Topics Covered
Section See
Contact Data & Legal Information page 12
Symbols Used in This Guide page 14
Intended Use page 15
Compatibility with Medical Devices page 18
Training & Documentation page 23

12 Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7
Contact Data & Legal Information
Contact Data & Legal Information
Contact Data
Support If you cannot find information you need in this guide, or if you have questions or problems,
contact BrainLAB support:
Feedback Despite careful review, this manual may contain errors.
Please contact us at [email protected] if you have suggestions as to how we can
improve this manual.
Manufacturer BrainLAB AG
Kapellenstr. 12
85622 Feldkirchen
Germany
Region Telephone and Fax Email
United States and Canada Tel: [phone]
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Africa, Asia, Australia,
Europe
Tel: [phone]
Fax: [phone]
Latin America Tel: [phone]
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Japan Tel: [phone]
France & French-speaking
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Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7 13
General Information
Legal Information
Copyright This guide contains proprietary information protected by copyright. No part of this guide
may be reproduced or translated without express written permission of BrainLAB.
BrainLAB
Trademarks
• Kolibri
TM is a trademark of BrainLAB AG, registration pending.
•Softouch® is a registered trademark of BrainLAB AG in Germany and/or the US.
•StarLink® is a registered trademark of BrainLAB AG in Germany and/or the US.
•VarioGuideTM is a trademark of BrainLAB AG, registration pending.
•z-touch® is a registered trademark of BrainLAB AG in Germany and/or the US.
Non-BrainLAB
Trademarks
• Mayfield®is a registered trademark of OMI, Inc.
•Microsoft
®and Windows®are registered trademarks of Microsoft Corporation in the
United States and other countries.
• MultiVisionTM and PenteroTM are trademarks of Carl Zeiss Surgical GmbH.
•OPMI
®is a registered trademark of Carl Zeiss Surgical GmbH.
Integrated 3rd-
Party Software
This software is based in part on the work of the Independent JPEG Group.
CE Label
Disposal
Instructions
Only dispose of electrical and electronic equipment in accordance with statutory regula-
tions. For information regarding the WEEE (Waste Electrical and Electronic Equipment) di-
rective, visit:
brainlab.com/weee
Sales in the US US federal law restricts this device to sale by or on the order of a physician.
The CE mark shows that the BrainLAB products comply with the essen-
tial requirements of the Medical Device Directive.
According to the MDD (Council Directive 93/42/EEC), Kolibri cranial/
ENT is a Class IIb product.

14 Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7
Symbols
Symbols
Symbols Used in This Guide
Warnings
Warnings are indicated by triangular warning symbols. They contain safety-
critical information regarding possible injury, death or other serious conse-
quences associated with equipment misuse.
Cautions
Cautions are indicated by a circular caution symbol. They contain safety-criti-
cal information regarding possible problems with the device. Such problems in-
clude device malfunctions, device failure, damage to device or damage to
property.
Notes NOTE: Notes are formatted in italic type and are used to indicate additional useful hints.

Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7 15
General Information
Intended Use
Using the System
Indications for Use The BrainLAB Kolibri IGS system is intended to be an intraoperative image guided local-
ization system to enable minimally invasive surgery. It links a freehand probe, tracked by a
magnetic sensor system or a passive marker sensor system to a virtual computer image space
on a patient’s preoperative diagnostic image data set being processed by the
Kolibri com-
puter workstation.
The system is indicated for any medical condition in which the use of stereotactic surgery
may be appropriate and where a reference to a rigid anatomical structure, such as the skull,
a long bone, or vertebra, can be identified relative to a CT, X-ray, MR based model of the
anatomy.
Example image guided cranial surgery procedures include, but are not limited to:
• Tumor resections
• Skull base surgery
• Cranial biopsies
• Craniotomies/Craniectomies
• Pediatric Catheter Shunt Placement
• General Catheter Shunt Placement
Example image guided ENT surgery procedures include, but are not limited to:
• Transphenoidal procedures
• Maxillary antrostomies
• Ethmoidectomies
• Sphenoidotomies/Sphenoid explorations
• Turbinate resections
• Frontal sinusotomies
• Intranasal procedures
Place of Use The Kolibri cranial/ENT system is to be used in the operating room.

16 Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7
Intended Use
Instrument Contact
to Brain Tissue and
Spinal Fluid
Only specified BrainLAB instruments are intended for direct contact with
brain tissue and spinal fluid. For a list of such instruments, refer to the
Instru-
ment User Guides
.
What is the risk?
Direct contact to brain tissue and cerebrospinal fluid by instruments not intended for such
contact may cause damage to the patient’s brain or severe shock by delivering endotoxic
substances to the patient’s body.
BrainLAB instruments are designed and manufactured to minimize the risk of damage to
the patient’s brain tissue. Therefore, it is unlikely that patient injury will occur during nor-
mal instrument use. However misuse of instruments, or the use of damaged instruments, can
cause severe patient injury.
Standard reprocessing methods are not fully effective for endotoxic contaminated instru-
ments. Endotoxic contamination can only be removed using aggressive treatments, e.g.,
very high temperatures. Such parameters may damage highly accurate manufactured instru-
ments. Contact to brain tissue or cerebrospinal fluid with instruments that are not intended
for such contact can cause severe patient injury.
In which situations might unintentional contact occur?
Situations where unintentional contact to brain tissue may occur are in general all situations
in which instruments are used in close proximity to brain tissue. Examples are using the nav-
igation pointer inside of the cranial cavity, e.g., for distance measurement or point collec-
tion.
How to reduce the likelihood:
Fully reprocess instruments as described in the
Cleaning, Disinfection and Sterilization
Guide
. Store and handle instruments as described.
Except in the case of specified instruments, avoid direct instrument contact to brain tissue
and contact to cerebrospinal fluid.
Careful Handling of
Hardware
System components and accessory instrumentation comprise precise mechani-
cal parts. Handle them carefully.
Only trained medical personnel may operate system components and accessory
instrumentation.

Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7 17
General Information
Symbols on the
System Hardware
Components
The following symbols may be found on the system or on the instruments.
Plausibility Review
Before patient treatment, review the plausibility of all information input to and
output from the system.
Symbol Explanation
U Type B Applied Part according to IEC 60601-1
Type BF Applied Part according to IEC 60601-1
Attention! Consult accompanying documents
Potential equalization point
MR Unsafe
<XYmT
MR Conditional: The number shown on each label specifies the MR envi-
ronment in which the device can be used with caution

18 Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7
Compatibility with Medical Devices
Compatibility with Medical Devices
BrainLAB Medical Instruments
Compatible
BrainLAB Medical
Instruments
Kolibri cranial/ENT is compatible with:
• Biopsy Alignment Array and Biopsy Tube
• Blakesly Clamp
• BrainLAB Pointer, Sharp Tip and Blunt Tip
• Disposable Reflective Marker Spheres
• Disposable Registration Marker CT, MR, OR
• Disposable Biopsy Needle Type A
• Frameless Biopsy System
• Instrument Calibration Matrix (ICM4 and ICM 2.0)
• Mayfield Reference Array
• Mayfield Reference Clamp
• Microscope Adapters and Microscope Arrays
• Multiple Tip Pointers
• Reference Headband and Reference Headband Array
• Skull Reference Set
• Softouch
• Instrument Adapter Kit, StarLink Interface:
- Instrument Adapter Arrays (sizes S, M, ML, L, XL)
- Instrument Adapter Clamps (sizes S, M, L, XL)
• Sterilization Trays (Cranial, ENT, Frameless Biopsy System, VarioGuide)
• Suction Tube
•VarioGuide
• Vario Reference Arm
• z-touch

Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7 19
General Information
Other BrainLAB
Instruments
Additional instrumentation may become available after release of this manual. Contact
BrainLAB support if you have any questions regarding instrument compatibility with Brain-
LAB software.
Only use instruments and spare parts specified by BrainLAB with Kolibri cra-
nial/ENT
. Using unauthorized instruments/spare parts may adversely affect
safety and/or effectiveness of the medical device and endanger safety of patient,
user and/or environment.
System
Compatibility
NOTE: The software is not compatible with the Kolibri system Revision 1.0 .

20 Software User Guide Rev. 1.0 Kolibri cranial/ENT Ver. 2.7
Compatibility with Medical Devices
BrainLAB Software
Authorization
Only authorized BrainLAB employees may install software on the BrainLAB
system. Do not install or remove any software applications.
Compatible
BrainLAB Medical
Software
Kolibri cranial/ENT is compatible with:
• iPlan Cranial Versions 1.0, 1.1, 1.5, 2.5 and 2.6
• iPlan ENT Versions 1.0, 1.1, 2.5 and 2.6
• iPlan Flow Version 2.6
• iPlan Stereotaxy Versions 2.5 and 2.6
• PatXfer Versions 5.2
Other BrainLAB
Software
If you are running software versions other than those specified above, please contact Brain-
LAB support for clarification regarding compatibility with BrainLAB devices.
Only BrainLAB medical software specified by BrainLAB may be installed and
used with
the system.