Thermo Scientific GENESYS 10S Vis User manual

GENESYS 10S Vis
User Guide
269-251700 Revision A October 2009

© 2008-2009 Thermo Fisher Scientific Inc. All rights reserved.
Microsoft, Windows, Vista, Windows NT and Excel are either trademarks or registered trademarks of
Microsoft Corporation in the United States and/or other countries. Clorox is either a trademark or registered
trademark of The Clorox Company in the United States and/or other countries. Triton is either a trademark or
registered trademark of Union Carbide in the United States and/or other countries. Pyrex is either a trademark
or registered trademark of Corning Incorporated in the United States and/or other countries. All other
trademarks are the property of Thermo Fisher Scientific Inc. and its subsidiaries.
For Technical Support, please contact:
Thermo Fisher Scientific
5225 Verona Road
Madison WI 53711-4495 U.S.A.
Telephone: [phone]
E-mail: [e-mail]
World Wide Web: http://www.thermo.com/spectroscopy
For International Support, please contact:
Thermo Fisher Scientific
Telephone: [phone]
E-mail: [e-mail]
World Wide Web: http://www.thermo.com/spectroscopy
Thermo Fisher Scientific Inc. provides this document to its customers with a product purchase to use in the
product operation. This document is copyright protected and any reproduction of the whole or any part of this
document is strictly prohibited, except with the written authorization of Thermo Fisher Scientific Inc.
The contents of this document are subject to change without notice. All technical information in this
document is for reference purposes only. System configurations and specifications in this document supersede
all previous information received by the purchaser.
Thermo Fisher Scientific Inc. makes no representations that this document is complete, accurate or error-
free and assumes no responsibility and will not be liable for any errors, omissions, damage or loss that might
result from any use of this document, even if the information in the document is followed properly.
This document is not part of any sales contract between Thermo Fisher Scientific Inc. and a purchaser. This
document shall in no way govern or modify any Terms and Conditions of Sale, which Terms and Conditions of
Sale shall govern all conflicting information between the two documents.
Release history:

Thermo Scientific GENESYS 10S Vis User Guide iii
C
Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . vii
Safety and Special Notices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . vii
Chapter 1 Spectrophotometer Basics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1
Spectrophotometer Components. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Connectors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
About the Keypad . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
Cell Holders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
6-Position Cell Holder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Single Cell Holder. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Selecting and Positioning Cuvettes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Z-dimensions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
Chapter 2 Setting Up the Instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7
Entering Parameter Values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Numeric Entry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Menu Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
On/Off Toggle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Alphanumeric Entry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Setting Utility Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Setting the Date and Time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Setting Baseline Expiration Time. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Setting the Screen Contrast . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Setting Up the Internal Printer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
Setting the Utility Parameters for the Printer. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
Chapter 3 Accessories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .15
Cell Holders and Cell Holder Accessories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
Cell Holder Configurations. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
Cell Holder Initialization. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Changing Cell Holders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Installing the 6-Position Cell Holder and the Single Cell Holder. . . . . . . . . . 19
Removing the 6-Position Cell Holder and the Single Cell Holder . . . . . . . . . 20
Installing Accessory Cell Holders. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Installing the Internal Printer (Optional). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Loading Paper in the Internal Printer. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Contents

Contents
iv GENESYS 10S Vis User Guide Thermo Scientific
External Printers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Chapter 4 Sample Positioner Setting. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .25
Auto 6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Auto 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Single Cell Holder. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Manual 6. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
Chapter 5 Cell Correction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27
Cell Correction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Specifying Wavelengths for Discrete nms Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
Chapter 6 Managing Stored Tests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .31
Software Password. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Naming a Test. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Saving a Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Loading Test Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Lock/Unlock . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
Deleting a Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
Chapter 7 SmartStart. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .37
Chapter 8 Concentration Units . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .39
Specifying Concentration Units. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Creating Custom Units . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
Chapter 9 Calculator Function. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .41
Chapter 10 Abs and %T Measurements—Basic A-%T-C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .43
Setting the Wavelength . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
Measuring a Blank. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Measuring Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Chapter 11 Abs and %T Measurements—Advanced A-%T-C. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45
Recalling a Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Setting Up Test Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Taking Measurements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Chapter 12 Basic Concentration Measurements—Basic A-%T-C. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .49
Basic Concentration Measurements. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Setting the Wavelength and Mode. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
Using Conc/Std to Measure Concentration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
Using Conc/Factor to Measure Concentration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Measuring Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

Contents
Thermo Scientific GENESYS 10S Vis User Guide v
Chapter 13 Concentration Measurements—Advanced A-%T-C. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .53
Recalling a Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
Setting Up Test Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Measuring a Standard . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Entering a Factor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Measuring Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Chapter 14 Scanning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .57
Recalling a Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
Setting Up Test Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
Collecting a Baseline Scan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
Scanning a Sample. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Viewing and Manipulating Scan Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
Rescaling Graphical Scan Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
Performing Calculations on the Scan Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
Labeling Peaks and Valleys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
Smoothing Data. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
Determining Peak Height Using a 3-point Net Equation. . . . . . . . . . . . . . 63
Calculating the Area Under a Curve. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Viewing and Rescaling Tabular Scan Data. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
Chapter 15 Multiwavelength . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .67
Recalling a Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
Setting Up Test Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
Adding Wavelengths and Factors. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
Deleting Wavelengths and Factors. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
Taking Measurements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
Chapter 16 Absorbance Ratio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .71
Recalling a Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
Setting Up Test Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Measuring Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Chapter 17 Absorbance Difference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .75
Recalling a Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
Using the Absorbance Ratio Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
Setting Up Test Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
Measuring Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
Chapter 18 3-Point Net . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .79
Recalling a Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
Setting Up Test Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
Taking Measurements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80

Contents
vi GENESYS 10S Vis User Guide Thermo Scientific
Chapter 19 Concentration Measurements—Standard Curve Application . . . . . . . . . . . . . . .83
Recalling a Standard Curve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
Setting the Parameters for a Standard Curve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
Measuring the Standards for a Standard Curve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
Using the Standards Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
Measuring Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
Editing a Standard Curve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Chapter 20 Kinetics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .91
Recalling a Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
Setting Up Test Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
Measuring Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Recalling and Recalculating Graphical Kinetics Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Rescaling and Recalculating Tabular Kinetics Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
Chapter 21 Performance Verification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .99
Accessing the Performance Verification Tests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
Troubleshooting Checklist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
Wavelength Accuracy - Internal. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Wavelength Accuracy - Standard . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Resolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Photometric Accuracy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
Selecting the Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
Adding Standards . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
Deleting Standards . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Running the Test. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Noise. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
Stray Light. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
Running the Test. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
Internal Printer Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
Chapter 22 Maintenance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .109
Routine Care. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
Cleaning and Maintaining Cells . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
Cleaning the Windows of the Sample Compartment. . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
Changing the Fuse. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
Replacing the Tungsten Lamp. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Chapter 23 Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .117

Thermo Scientific GENESYS 10S Vis User Guide vii
P
Preface
Congratulations on your purchase of a Thermo Scientific spectrophotometer! Our
spectrophotometers integrate advanced hardware features with the power and flexibility of a
wide range of accessories.
Safety and Special Notices
Make sure you follow the precautionary statements presented in this guide. The safety and
other special notices appear in boxes.
Safety and special notices include the following:
Note Notes contain helpful supplementary information.
IMPORTANT Follow instructions labeled “Important” to avoid damaging the system
hardware or losing data.
CAUTION Indicates a hazardous situation which, if not avoided, could result in minor or
moderate injury.
WARNING Indicates a hazardous situation which, if not avoided, could result in death or
serious injury.

Preface
viii GENESYS 10S Vis User Guide Thermo Scientific

Thermo Scientific GENESYS 10S Vis User Guide 1
1
Spectrophotometer Basics
This chapter describes:
•Spectrophotometer Components
•Cell Holders
•Selecting and Positioning Cuvettes
•Z-dimensions
Spectrophotometer Components
Here are some major components visible on the outside of a typical instrument:
Connectors
The connectors are on the back of the instrument:
Keypad
Optional printer housing
Sample compartment
USB port

1Spectrophotometer Basics
Spectrophotometer Components
2GENESYS 10S Vis User Guide Thermo Scientific
WARNING Avoid shock hazard. Always turn off the instrument and unplug it from the
wall outlet or power strip before you unplug the power cord from the instrument
connector.
USB communication port USB printer port
On/Off switch
A/C power connector
Fuse compartment